Obtención de la estructura 3d de una proteína
¿Qué quisimos hacer?
- Obtener un modelo de la estructura proteica en 3D con fines didácticos.
- Poner a punto un protocolo de impresión que fuera capaz de reproducir la complejidad de la estructura.
- Aprender sobre el diseño 3D y cómo usar la impresora 3D.
¿Cómo lo hicimos?
Una vez identificada la proteína fue necesario recurrir a un modelo 3D de la misma
- Muchas proteínas cuentan con archivos que proporcionan coordenadas para obtener modelos (archivos STL).
- La otra opción era recurrir a una proteína que ya contara con un modelo en 3D en la web.
Elección de la proteína a imprimir
Decidimos imprimir una proteína que es secretada por un parásito de interés para la actividad ganadera de nuestro país: Fasciola hepatica
Las razones:
- Es una proteína de la que teníamos un modelo adecuado para generar el archivo 3D.
- Posee tanto hojas plegadas Beta y hélices alfa en su estructura secundaria. Lo que servirá para explicar a los estudiantes.
Primera prueba de impresión a mini-escala
La prueba dio una noción de la dificultad del asunto y proporcionó una idea clara de cómo orientar la proteína para la impresión.
Resultados del Primer intento
¿Qué sucedió?
- Faltaron apoyos y soportes.
- Los primeros 15 minutos funcionó porque las capas aún tenían apoyo.
- Se cortó la impresión en el momento que se advirtió el problema.
El Modelo y sus problemas
Si bien contábamos con el pdb, tuvimos que generar a partir éste el archivo STL. Esto se logró mediante el programa VMD.
Es una estructura compleja con muchos espacios en blanco y loops que son frágiles.
Se requieren soportes suficientes para solucionar problemas de estabilidad y puntos de apoyo para la impresión.
Solución a los problemas detectados: Generando el archivo para la impresión final
- Se colocó a la proteína para intentar aumentar los puntos de contacto con la superficie de impresión.
- Se colocaron soportes y puntos de apoyo necesarios para la impresión.
Imprimimos
¿Cual fue el resultado?
El modelo terminado
